Михеев Валерий Леонидович
Начальник академии
Костылев Иван Иванович
Президент академии
Алексеев Николай Андреевич
Первый заместитель начальника академии
Палкин Иван Иванович
Заместитель начальника академии по воспитательной работе
Слицан Андрей Евгеньевич
Заместитель начальника академии по учебной работе
Афанасьев Виктор Викторович
Заместитель начальника академии по научной работе
Лаврентьева Елена Александровна
Заместитель начальника академии по Учебно-методической работе
Заместитель Председателя Учебно-Методического объединения по образованию в области Эксплуатации водного транспорта
Тарасенко Андрей Юрьевич
Заместитель начальника академии по административно-хозяйственной работе
Осипов Вадим Юрьевич
Заместитель начальника академии по экономическим вопросам.